W roku 1867  dzięki Jerzemu Czartoryskiemu powstała jedna z pierwszych szkół we wsi, jakie w tamtych latach zbudowano. Mieściła się ona w budynku drewnianym.

             1 września 1867 r. obowiązki nauczyciela tymczasowo objął Michał Głogowski. Natomiast w roku 1868 Jan Kmicikiewicz został mianowany już jako stały nauczyciel. Dzięki staraniom starszych członków gminy Jana Wańczyckiego, Jędrzeja Jarosza  i Jakuba Sroki szkoła w Wólce Pełkińskiej otrzymała prawa szkoły publicznej. Po Kmicikiewiczu obowiązki nauczyciela przejął ks. grekokatolicki Józef Lewicki. Po ks. Lewickim obowiązki nauczyciela przejęła Rozalia Mietlicka. Po odejściu na emeryturę w 1900 r. panią Mietlicką zastąpił Antoni Wrześniowski. Około 1910 roku z fundacji Czartoryskich z Pełkiń wybudowano nowy, murowany budynek. Kolejnym kierownikiem szkoły był Stanisław Śmielowski, który wraz z rodzią przybył do Wólki Pełkińskiej w 1930 roku. Nauczycielki jakie pracowały wówczas w szkole to pani Jarosiewiczówna, a po niej Maria Galikówna. Okupacja niemiecka przyniosła ze sobą straty materialne. Szkoła w Wólce Pełkińskiej też ich doświadczyła. Zasadnicze zmiany przyniósł rok 1948. Kierownikiem szkoły został Tadeusz Mazepa, a jego żona Wanda nauczycielką. Jako nauczycielka pracowała również pani Klepacka, a religii ks. prob. Józef Grydyk. 15 października założono pierwszy Komitet Rodzicielski. W następnym roku szkolnym miejsce pani Klepackiej zajął Stanisław Bystrzycki natomiast po nim miejsce objęła pani Eugienia Czajka. W tym czasie szkoła stała się szkołą zbiorczą. W 1951 roku w szkole uczyło czterech nauczycieli. Oprócz państwa Mazepów uczyły: Stanisława Frankiewicz i Emilia Kupczak. W roku szkolnym 1957/58 doszedł pan Jan Kusy. W 1970 roku zbudowano nowy budynek szkolny.  

            Obecną szkołę zbudowano w latach 1989-1994. Funkcję dyrektora pełnił wówczas pan mgr Wiesław Mroczka, który został wybrany przewodniczącym Społecznego Komitetu Budowy Szkoły. W roku 1998 szkoła otrzymała Imię Patrona Tysiąclecia Ks. Kardynała Stefana Wyszyńskiego. W 1999 roku dyrektorem szkoły została pani mgr Bożena Figiela, która sprawuje tę funkcję po dzień dzisiejszy. 

źródło: ,,Wólka Pełkińska zarys historyczny miejscowości i parafii" O. Jan Pasieka, O. Albin Sroka